Обычно собирают утреннюю порцию мокроты до приема пищи (в 8—9 ч утра), полученную путем откашливания. Следует избегать попадания в образец слюны и секрета носоглотки или синусов. Мокроту собирают в чистую сухую широкогорлую склянку.
Предварительно больной должен прополоскать рот и глотку кипяченой водой и вычистить зубы. Если мокрота спонтанно не отделяется, можно применить ингаляцию смесью растворов хлорида натрия (15 %) и пропиленгликоля (20 %), предварительно подогретой до 37 °С. После ингаляции в течение 20 мин больной обычно откашливает мокроту.
Желательно доставить в лабораторию и исследовать свежевыделенную мокроту как можно скорее, хотя для некоторых исследований (например, исследование на микобактерии туберкулеза) отсрочка не приносит большого вреда.
При невозможности немедленного исследования мокроту необходимо хранить в прохладном месте, лучше — в холодильнике. Нецелесообразно собирать мокроту за большой промежуток времени (более суток), так как длительное стояние приводит к размножению бактерий и аутолизу элементов мокроты.